病毒对怀孕母猪的伤害是非常大的，许多病毒都会导致母猪流产、死胎等，如蓝耳病毒、伪狂犬病毒、细小病毒、乙脑病毒等；人们对病毒的危害已经认识到，也采取了相应的措施应对，主要是以疫苗防疫的办法，保证了母猪怀孕期间不受这些病毒的伤害。
但人们对毒素的认识还比较浅薄，毒素造成的伤害经常出现，严重者流产、死胎等，甚至伤害到母猪的性命。
伤害母猪的毒素主要有以下几种，霉菌毒素、过高的营养、不当的药物等；有些是直接看得到的，有些却是隐形出现，躲开了人们的视线。
霉菌毒素是最常见，也是伤害最大的一种；因霉菌毒素种类多，造成的伤害情况也不同；如赤霉烯酮可以直接引起母猪流产，而更多的毒素却是伤害母猪的免疫系统，导致免疫力低下。解决霉菌毒素问题，主要有两个办法；一个办法是拒绝使用发霉饲料，从原料把关，保管储存等方面严格控制；另一个办法是提前预防，在饲料中添加脱霉剂，小剂量的毒素被吸附后排出体外，减轻了对母猪的伤害；
对于营养来说，严重缺乏时是良药，少量缺乏时是补药，供给适当是营养，而如果过剩则是毒素；就拿我们最常说到的能量物质，是每个猪生命必需的成分；但如果赶量，也会产生相应的危害；如能量过剩，就会转化为脂肪；脂肪充斥到卵巢，则引起不发情和排卵数少；脂肪充斥到生素器官附近，则影响血液循环，导致胎儿供血不均，仔猪出生大小不匀；而在乳腺快速发育的怀孕75-90天期间，如果能量过剩，则会出现脂肪颗粒充斥到乳腺组织中的现象，导致乳腺泡发育受阻，这样的母猪产后往往奶水不足；其它的营养元素过剩，也都有相应的伤害，蛋白过高首先是浪费资源，其次会加重肾脏负担；其它的营养也都是一样的道理。所以，供应母猪的饲料，既不能缺乏，还不能过剩。
药物对母猪的伤害，其实早已被人们认识到；许多资料介绍的孕畜禁用药就是一个例证。
怀孕母畜应用抗菌药物不当，会影响胚胎的生长发育，使胎儿致畸、致残，甚至造成胎儿死亡。下列抗菌药物进入母体后对胎儿有不同程度的毒害作用，应禁用或慎用。
1、四环素类本类药物可使孕畜肝脏脂肪变性，呈急性肝脏损害；对骨骼组织的生长发育有较严重的影响，并且能透过胎盘屏障，引起胎儿的肝脏、肾脏损害；还能和二价离子，如钙离子、铁离子等形成络合物，沉积在胎儿的牙齿和骨质中，抑制其生长。妊娠后期应用四环素可引起胎儿颅内压升高、先天性白内障、先天性畸形。四环素及其同类药物是孕畜禁用的药物。2、磺胺类药物此类药物可干扰叶酸代谢而发挥抑菌作用，而且可与胆红质竞争蛋白质结合点，引起新生仔畜黄疸，使胎儿致畸(除非补充叶酸)。长期应用磺胺类药物能抑制骨髓的造血功能，引起白细胞减少、粒细胞缺乏，以及溶血性贫血，故孕畜禁用。3、抗菌增效剂抗菌增效剂多属苄氨嘧啶类化合物，抗菌制剂是抑制一氢叶酸还原酶使二氢叶酸不能还原成四氢叶酸而阻止细菌核酸合成。此药能使胎儿致畸，孕畜禁用。4、喹诺酮类此类药物包括氟派酸、环丙沙星、氧氟沙星等。该类药物的作用机制系抑制DNA旋转酶，而影响蛋白合成，又有对幼年动物软骨损害作用，应避免用该类药物。5、氨基糖甙类本类药物损害第8对脑神经，造成前庭功能和听觉的损害，对肾脏也有较强的毒害作用，并且易通过胎盘屏障，对胎儿造成严重损害，禁用于孕畜。6、多粘菌素类该类药物具有肾毒性和神经毒性，引起蛋白质尿、血尿、步态不稳、共济失调等症状，能透过胎盘屏障，对生物膜有破坏作用，不宜用于妊娠期母畜。7、抗真菌药物多烯类(制霉菌素类)及灰黄霉素可通过胎盘屏障，具有肝肾毒素和致畸作用，为孕畜禁用药品。8、万古霉素本药可通过胎盘屏障，损害胎儿第8对脑神经，孕畜禁用。9、大环内酯类红霉素毒性较低，但可透过胎盘和进入乳汁。一般情况下，红霉素及具各种酯化物是妊娠期和哺乳母畜慎用的药物。10、甲硝唑甲硝唑能减少细菌繁殖机能，使细菌的基因突变率增加，所以甲硝唑具有致畸作用，能透过胎盘屏障，通过乳汁排泄，怀孕期和哺乳期母畜应慎用。11、利福平它对小鼠有致畸作用，母畜妊娠早期不可应用。所以孕畜选用抗菌药物非常重要，青霉素类可以安全地使用于孕畜，对胎儿没有毒性，如青霉素C、氨苄青霉素等；头孢菌素类，如头孢氨苄、头孢唑啉等也可安全地对孕畜使用。此外大环内脂类，除红霉素脂化物外，红霉素碱、麦迪霉素等均无显著毒性，也不易透过血胎盘屏障，故可考虑选用。
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